O Mars foi idealizado como um museu de etnologia, etnografia e arqueologia regional que, desde seu início, esteve comprometido com um projeto científico de modelo humanista e com uma ética da compreensão e respeito à diversidade cultural.

Sua criação deu-se no contexto de algumas iniciativas no final da década de 1970, refletindo as pressões pela abertura democrática do Estado brasileiro durante a ditadura, visando a salvaguarda de bens patrimoniais por meio de políticas no campo da memória, comprometidas com a diversidade cultural e patrimonial, sob a perspectiva antropológica e arqueológica.

Entre agosto e dezembro de 1977 formou-se um grupo de trabalho que idealizou e se mobilizou pela proposta, sendo então encarregado de organizar, estruturar e implantar o MARS. Deste grupo inicial, fizeram parte o professor e historiador Moacyr Flores (primeiro diretor), a historiógrafa e a antropóloga Ione de Carvalho (coordenadora técnica) e a professora Ana Maria Cabral. Com adesão do professor e arqueólogo Fernando La Salvia, que assumiu a direção em 1979, definiram-se as primeiras linhas de pesquisa da instituição e suas primeiras coleções, formadas por materiais arqueológicos das tradições Taquara, Umbu e Tupiguarani encontrados em sítios pré-coloniais  no planalto norte do Rio Grande do Sul.